Se estima que las islas se formaron hace 30 millones de años como resultado de actividad volcánica en el fondo marino.
Las islas Galápagos fueron descubiertas por azar el 10 de marzo de 1535, cuando el religioso dominico Fray Tomás de Berlanga, entonces obispo de Panamá, se dirigía al Perú en cumplimiento de un encargo del monarca español Carlos V, para arbitrar en una disputa entre Francisco Pizarro y sus subordinados luego de la conquista del imperio Inca. Los primeros mapas en incluir las islas fueron los preparados por Abraham Ortelius y Mercator alrededor de 1570. Las islas estaban descritas como "Insulae de los Galopegos" (Islas de las Tortugas).
Las Galápagos fueron utilizadas por piratas ingleses como escondite en sus viajes de pillaje a los galeones españoles que llevaban oro y plata de América hacia España. El primer pirata que se conoce visitó las islas fue Richard Hawkins, en 1593. Desde entonces hasta 1816 muchos piratas llegaron al archipiélago.
La primera misión científica que visitó las Galápagos fue la expedición Malaspina, una expedición española dirigida por Alejandro Malaspina, que llegó en 1790. Sin embargo, los registros de la expedición nunca llegaron a ser publicados. En 1793, James Colnett describió la flora y fauna de las islas y sugirió que podían ser utilizadas como base para los balleneros que operaban en el océano Pacífico. Colnett también dibujó las primeras cartas de navegación de las Galápagos. Los balleneros capturaron y sacrificaron miles de tortugas del archipiélago para extraer su aceite.
Ecuador anexó las islas Galápagos el 12 de febrero de 1832 bajo el gobierno del General Juan José Flores, bautizándolas como archipiélago de Colón.
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